Названию «Гефсимания» на протяжении всей истории давалось разное толкование. Оно писалось по-гречески, но произносилось большинством как транслитерация еврейского или арамейского слова. Наиболее распространённым объяснением является то, что Гефсимания происходит от еврейского Gath-Shemanim (Гат-Шманим, «масличный пресс»). Даже сегодня, на современном иврите, название этого святого места произносится именно так. Поскольку Гефсимания расположена недалеко от Елеонской горы, истолкование названия места в евангельских повествованиях как «масличный пресс» кажется особенно уместным. Тем не менее святой Иероним в своём толковании на Евангелие от Матфея предпочитает объяснять это название с помощью другого иудейского выражения, которое находится в книге Исаии 28,1.4: Gey-Shemanim, «тучная долина», и которое он переводит как vallis pinguissima. В древних сирийских и палестинских христианских арамейских версиях (катехизис Кирилла Иерусалимского) транскрипция семитского названия (переданного через греческий язык) теряет всякую связь с еврейскими терминами «пресс» (Gath) и «масло» (Shemen) и приобретает соответствие с арамейским Simanei/Simanin, что означает «чудесные знамения» (с греческого semeion). Отсюда возникло разное понимание этого названия.
Таковы лишь некоторые из объяснений, которые получил данный топоним. В любом случае тот факт, что Матфей и Марк сообщают об этом названии, может указывать на древность почитания этого места. То же самое относится и к Голгофе (ср. Мф 27,33; Мк 15,22; Ин 19,17).
Судя по имеющимся сегодня данным, этимология Гефсимании остаётся неопределённой, даже если гипотеза о земельном владении с масличным прессом кажется достоверной, в том числе и из-за археологических находок. Нынешние работы к югу от базилики (направленные на создание подземного перехода, благодаря которому паломники смогут достичь нижней части долины) фактически предоставили возможность для новых раскопок, которые обещают пролить дальнейший свет на историю святилища. Особый интерес представляет открытие иудейской ритуальной ванны (Микве) времён Иисуса, – обычный атрибут для поместья, где производили ритуально чистое вино или масло. Это открытие также могло каким-то образом объяснить присутствие в этом месте во время ареста Иисуса нагого юноши, завернувшегося в покрывало (ср. Мк 14,51).
Как свидетельствует Евсевий Кесарийский в своем «Ономастиконе», ещё до константиновской эпохи Гефсимания была почитаемым местом, куда верующие приходили молиться в память о величайшей молитве, которую Иисус вознёс перед Своей смертью. Кроме того, Евсевий в другом своём труде Demonstratio Evangelica предполагает, что вся Елеонская гора стала своего рода священной горой, на которой христиане вспоминали различные события из истории Иисуса. Анонимный паломник из Бордо (333 г. н.э.) даже упоминает камень ubi Iudas Scarioth Christum tradidit, и когда в конце четвёртого века паломница Эгерия посетит это место, то там уже будет возведен храм, которому она даст определение ecclesia elegans. Таким образом, Гефсимания, скорее всего, почиталась с начала христианской эры, и начиная с четвертого века здесь было культовое сооружение. Затем, в эпоху крестоносцев, была построена церковь Спасителя.
Паломник, посещающий сегодня Гефсиманию, может войти в пещеру, связанную с памятью об аресте Иисуса, в которой найдены древние знаки почитания. Продолжая идти на юг, он найдет базилику Агонии, работы архитектора А. Барлуцци, освящённую в 1924 году. Рядом с базиликой несколько вековых оливковых деревьев напоминают о той ночи, когда Иисус учил нас бороться с искушениями лукавого с помощью молитвы: «Бодрствуйте и молитесь, чтобы не впасть в искушение: дух бодр, плоть же немощна» (Мф 26,41). Катехизис и вся система католического воспитания готовят каждого ученика к познанию Божественной воли и к раскрытию ловушек лукавого, но перед лицом человеческой немощи и страха смерти лишь силой молитвы можно победить в этой борьбе.